
Nach seinem Abenteuer ist Captain Olimar auf seinem Heimatplaneten zurückgekehrt. Dort angekommen, erfährt er das seine Firma Schulden hat und er zum Pikmin Planeten zurückkehren soll, um Schätze zu finden. Gemeinsam mit Louie begibt er sich erneut auf die Reise. Die Pikmin haben je nach Farbe andere Eigenschaften, so sind rote Pikmin immun gegen Feuer und kämpfer besser, blaue Pikmin immun gegen Wasser und gelbe Pikmin immun gegen Elektrizität und können weiter geworfen werden. Diesmal gibt es zwei weitere Pikmin. Die weißen Pikmin sind resistenter gegen Gift, können Gift ausstoßen und verborgene Schätze finden. Die violetten Pikmin sind stärker, können Gegner paralysieren und 10-mal schwerere Gegenstände heben.